Le couvent Sainte-Agnès, aujourd'hui une belle galerie, fut le premier couvent de l'ordre du Temple à Prague. Plusieurs histoires soulignées d'un brin de surnaturel, se rattachent à cet endroit mystérieux.
Au cours du mouvement hussite, le couvent Sainte-Agnès abritait les religieuses de l'ordre des dominicains. Il paraît qu'une des religieuses était la nièce du fameux chef hussite, Jan Zizka de Trocnov. Un jour, Jan Zizka amena ses troupes déchaînées aux portes du couvent avec l'intention de le piller. La religieuse se jeta aux pieds de son oncle et le pria de ménager le couvent et de préserver les vies de ses compagnes. Ainsi, grâce à elle, le magnifique couvent résista et peut être admiré de nos jours. Le bruit cours encore sur le destin d'une autre religieuse. Son père la fit entrer au couvent de force, refusant de voir sa fille épouser un pauvre hobereau, dont elle était éperdument amoureuse. Mais l'amour a des raisons, que la raison ignore et la jeune fille continua à voir son amoureux en catimini. Les amants ignoraient que le père de la jeune fille les faisait surveiller et, très rapidement, fut mis au courent de leurs rendez-vous galants. Lorsque les deux amants voulurent s'enfuir, il les suivit jusque dans les champs autour de Prague. Il les tua tous les deux sans merci. Depuis, la religieuse assassinée se promène tranquillement dans les couloirs sombre du couvent Sainte-Agnès.
Et il y a encore une troisième histoire, pour respecter la fatalité du nombre "trois". Jadis, les reliques du couvent comptaient également le doigt de saint Nicolas. Charles IV, empereur germanique et roi de Bohême, grand amateur de reliques, désirait posséder une partie de ce doigt. Il le fit trancher en deux parties, mais aussitôt les morceaux commencèrent à saigner. Effrayé, l'empereur ordonna de remettre les deux pièces ensemble. Les morceaux de doigt s'accolèrent immédiatement. Estimant qu'il s'agissait d'un signe d'avertissement divin, l'empereur abandonna la relique au couvent.