Depuis quelque temps, il était évident que les opinions du général Sedivy et du ministre de la Défense, Jaroslav Tvrdik, divergeaient à un tel point que cela devenait intenable. Le ministre ne cachait pas son attitude critique, vis-à-vis de plusieurs aspects de l'armée, le chef de l'état-major voyait plutôt les aspects positifs. Il est vrai que, pendant la période lorsque Jiri Sedivy occupait son poste, la République tchèque est entrée à l'OTAN, et certaines unités dont celles d'intervention rapide et de décontamination chimique, ont obtenu de très bons résultats. L'armée tchèque a démontré son efficacité aussi, lors des interventions internationales à la suite des attentats terroristes du 11 septembre 2001. Le général Sedivy ne pouvait pas ignorer, cependant, que les forces militaires tchèques s'embourbaient aussi dans de sérieux problèmes. Le prestige de l'armée a beaucoup souffert de scandales provoqués par des appels d'offre qui manquaient de transparence, par les départs de nombreux spécialistes, et aussi par l'état problématique de l'aviation militaire qui se traduisait par de fréquents accidents mortels. De plus, l'OTAN a critiqué la lenteur de la réforme qui devait rapprocher les structures militaires tchèques de celles de l'Alliance. On peut dire donc que le départ de Jiri Sedivy ouvre la voie du changement. Le rôle de son successeur, Pavel Stefka, s'avère plus que difficile. Jusqu'à présent chef de la section opérationnelle de l'état-major, Pavel Stefka, prépare des mesures énergiques qui se répercuteront dans la hiérarchie de l'armée et risquent de susciter de nombreuses réticences. Il envisage, par exemple, de relever de leurs fonctions la majorité des chefs de l'armée actuels et de réduire substantiellement le nombre des membres civils qui travaillent dans le cadre des forces militaires. Son objectif principal est de réaliser la professionnalisation complète de l'armée tchèque.
