Le temps de la réconciliation et du pragmatisme (1989- ?)
Le 9 novembre 1989, le mur de Berlin tombe, le rideau de fer retenant les pays d'Europe centrale et orientale auprès de la grande soeur russe est démantelé. L'immédiat après communisme est marqué par un rejet de l'URSS et plus tard de la Russie. Mais très tôt, de nouveaux liens diplomatiques et commerciaux doivent être construits entre la Tchécoslovaquie, devenue République tchèque et la Russie.
Leur indépendance fraîchement retrouvée, les Tchécoslovaques se retrouvent confrontés à un problème délicat. Ils souhaitent naturellement réorganiser leurs échanges commerciaux vers l'Europe occidentale, et se placer sous le bouclier militaire américain. Toutefois, cinquante années ont lié leur destin à la Russie, et ne peuvent être effacées d'une pichenette.
La Tchécoslovaquie est encore liée à l'URSS par des traités militaires, économiques, énergétiques. Les troupes du Pacte de Varsovie n'ont toujours pas complètement évacué le territoire tchécoslovaque, ce qui constitue aux yeux des Tchécoslovaques un soulagement relatif.
Les premières années suivant la chute du Mur de Berlin sont marquées par une certaine méfiance à l'égard de la Russie. En 1993, pour rendre le parlement russe (la Douma) plus docile, le président Boris Eltsine envoie les chars de l'ancienne Armée Rouge à Moscou, ce qui ne manque pas d'inquiéter les pays voisins de l'ex-URSS et les anciennes démocraties populaires, effrayées par les soubresauts qui agite le géant russe.La première préoccupation de l'Etat tchécoslovaque est d'obtenir le retrait complet et définitif des troupes russes stationnées en Tchécoslovaquie depuis la répression du printemps de Prague, ce qui ne sera obtenu qu'en 1991, soit deux ans près la chute du Mur de Berlin.
Les citoyens tchécoslovaques sont marqués par un ressentiment et une peur chroniques à l'égard de Moscou. Le nombre d'élèves souhaitant, volontairement, apprendre le russe chute considérablement. La Tchécoslovaquie, à l'instar de ses voisins, regarde vers l'Ouest.
La Tchécoslovaquie, devenue République tchèque et Slovaquie suite au divorce de velours entre les eux entités le 1er janvier 1993 cherche des nouveaux débouchés commerciaux et les trouve principalement auprès des pays de l'Union Européenne, et notamment en Allemagne. Pour sa défense, à l'instar de la Pologne ou de la Hongrie, elle fait davantage confiance à l'OTAN, organisation à laquelle elle adhère en mars 1999. Un réchauffement des relations tchéco-russes se fait sentir après la prise du pouvoir par Vladimir Poutine. La Russie se rapproche des instances européennes. En 1992, elle présente sa demande d'adhésion au Conseil de l'Europe, et est acceptée au sein de cette institution en 1996. De nouveaux accords commerciaux sont signés entre la République tchèque et la Russie. La République tchèque fournit à la Russie des équipements en matière de dépollution de l'eau, en particulier des côtes de la Mer Baltique. En échange, la Russie fournit du combustible pour les centrales nucléaires tchèques, notamment pour la centrale de Temelin en Bohême du Sud près de la frontière autrichienne. La peur d'un soubresaut russe pouvant être néfaste à ses voisins s'étant progressivement estompée, une partie des Tchèques se remettent à apprendre le russe, soit par intérêt retrouvé, soit par nécessité, la part de la Russie dans les exportations tchèques augmentant considérablement depuis 2000.Il convient toutefois de préciser que les deux pays sont de fait condamnés à s'entendre. La République tchèque est, par exemple, dépendante du gaz et du pétrole russe. De l'autre côté, la Russie est liée à la République tchèque qui accueille chaque année dans ses universités des étudiants russes.
En mars 2003, la visite du président Poutine à Prague vient officialiser le réchauffement de ces relations. Le premier ministre Paroubek affirme alors que les relations tchéco-russes sont « les meilleurs de l'histoire ». Le président tchèque, Vaclav Klaus s'entretient en russe avec son homologue. Poutine clôture sa visite en reconnaissant la responsabilité morale de son pays vis-à-vis de l'invasion de la Tchécoslovaquie en 1968 par les troupes de l'Armée Rouge, participant ainsi à la normalisation des relations tchéco-russes.
Les relations entre la République tchèque et la Russie sont donc en cours de normalisation et de réchauffement, mus par l'affaiblissement du sentiment de russophobie du côté tchèque, et par une plus grande prise en compte des intérêts politiques et économiques qui lient ces deux pays. Toutefois, les relations entre ces deux pays ne sont pas non plus idylliques, la République tchèque critiquant la politique de sécurité agressive de la Russie à l'égard de ses républiques autonomes (Ingouchie, Tchétchénie...). Par ailleurs, le passé n'est pas pour autant oublié, et le souvenir des chars soviétiques défilant à Prague en 1968 risque de rester longtemps gravé dans la conscience collective tchèque.